针对个人股东借款未归还的问题，公司需要综合考虑税务、民事法律、公司治理等多方面因素，采取一系列合法且有效的措施来维护自身权益。以下是对此问题的详细分析及处理建议：
一、税务方面的处理
个人所得税风险应对：
- 根据税法，若个人股东借款在纳税年度终了后未归还且未用于企业生产经营，该借款将被视为红利分配，需计征20%的个人所得税。
- 建议：公司应立即与股东沟通，确认借款用途，若确实未用于生产经营，则需代扣代缴个人所得税，避免税务风险。
增值税风险应对：
- 股东无偿占用企业资金，可能被视为销售贷款服务，需缴纳增值税。
- 建议：公司与股东应签订借款协议，明确约定利息，并按规定计算缴纳增值税，同时确保利息支出可在企业所得税前扣除。
二、民事法律方面的处理
依据公司章程追讨：
- 公司章程对股东具有约束力，若章程中有关于股东借款的规定，公司可据此要求股东还款。
- 建议：向股东发送书面通知，提醒其借款已逾期，并要求按章程规定还款，同时告知逾期后果。
借款协议追讨：
- 若公司与股东签订了借款协议，可依据协议要求股东偿还本金及利息。
- 建议：
- 协商：与股东友好协商，了解还款困难原因，共同制定还款计划。
- 调解：若协商无果，可邀请第三方调解机构或中间人进行调解。
- 仲裁/诉讼：若调解仍无果，且借款协议中有仲裁条款，可申请仲裁；若无仲裁条款，则可向法院提起诉讼。
三、公司治理方面的处理
限制股东权利：
- 根据《公司法》及公司章程，对于长期不归还借款的股东，公司可限制其部分股东权利。
- 建议：召开股东会，通过决议方式对股东权利进行限制，如限制表决权、分红权等，以促使其尽快还款。
要求股东转让股权：
- 在极端情况下，若股东借款行为严重影响公司经营，公司可与股东协商要求其转让股权以偿还借款。
- 建议：双方协商股权转让价格、方式等事项，签订股权转让协议，并按规定办理相关手续。
四、综合处理建议
保持冷静与理智：
- 在处理过程中，公司应保持冷静和理智，既要保护自身权益，也要尽量避免与股东关系僵化。
积极沟通协商：
- 与股东进行积极沟通是解决问题的关键，尽量通过协商达成双方都能接受的解决方案。
准备充分证据：
- 若需采取法律手段，公司应提前收集好所有相关证据，如借款协议、转账记录、催款通知等，以确保诉求得到支持。
考虑法律途径：
- 若协商、调解均无果，公司应果断采取法律途径，如发送催款函、申请支付令、提起诉讼等，以维护自身合法权益。
综上所述，处理个人股东借款未归还的问题需要综合考虑多方面因素，采取合法合规的措施。公司应保持冷静与理智，积极与股东沟通协商，并准备充分证据以应对可能的法律纠纷。在整个过程中，公司应确保所有措施均合法合规，以避免不必要的法律风险。