在确保自身建房行为合法合规的前提下，若与邻居协商无果，你可按照以下步骤去法院起诉以维护自己的合法权益。

一、起诉前的准备

1. 确认建房合法性：

   • 确保你已获得农村宅基地批准书，这是证明你有权在宅基地上建房的关键证据。
   • 法律依据：《土地管理法》及相关地方性法规规定了宅基地的使用和建房需获得批准。

2. 收集证据：

   • 保留宅基地批准书的原件及复印件。
   • 收集邻居阻止施工的现场证据，如视频、照片等。
   • 保留与邻居沟通协商的记录，如短信、微信聊天记录等。

二、确定管辖法院

1. 选择管辖法院：
   • 根据《民事诉讼法》的规定，因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院管辖。
   • 因此，你应向宅基地所在地的基层人民法院提起诉讼。

三、撰写起诉状

1. 起诉状的内容：
   • 明确原被告信息，包括姓名、住址、联系方式等。
   • 提出具体的诉讼请求，即要求法院判决邻居停止阻止建房行为。
   • 阐述事实与理由，详细说明邻居阻止建房的具体情况及证据。
   • 法律依据：可在起诉状中引用《民法典》关于相邻关系及物权保护的相关规定。

四、提交起诉材料并立案

1. 提交材料：
   • 将起诉状一式多份（根据被告人数+1准备）连同证据材料一并提交到有管辖权的法院立案庭。
   • 等待法院审查，符合立案条件的将予以受理并通知缴纳诉讼费。

五、参与庭审

1. 庭审准备：

   • 收到开庭传票后，熟悉证据和案件事实。
   • 准备应对策略，预测对方答辩观点。

2. 庭审过程：

   • 遵守法庭纪律，按照法官指引陈述诉讼请求、事实和理由。
   • 进行举证质证，参与法庭辩论和最后陈述阶段。

六、等待判决与执行

1. 判决与执行：
   • 庭审结束后，等待法院作出判决。
   • 若判决支持你的诉求，而邻居未履行判决义务，可在规定期限内向法院申请强制执行。

综上所述，面对邻居阻止建房且协商无果的情况，你可按照上述步骤去法院起诉以维护自己的合法权益。在整个过程中，请保持冷静和理性，并确保所有行为的合法合规性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。