询证函盖章后企业没有留存，并不影响其法律效力。以下是对此问题的详细分析：

一. 询证函的法律效力

询证函，作为一种审计文书，在商业领域具有确认债权债务的重要作用。当企业作为具有民事行为能力的主体，自愿并真实地签署了询证函后，该函件即被视为其真实意思表示，并承担相应的法律责任。询证函的内容能够证明当事人交易、债权债务未清偿的事实存在，因此它同样可作为诉讼证据。

二. 询证函的留存问题

关于询证函的留存，主要是为了确保企业有相关的记录以备查证。然而，询证函的法律效力并不完全依赖于企业是否留存了副本。只要询证函在发出时已经得到了对方的盖章确认，那么它就具有了法律效力。企业没有留存询证函的副本，并不影响其已盖章询证函的法律效力。

三. 实际案例与法律依据

在司法实践中，法院通常会对询证函的来源合法性予以认可，并考虑其作为证据的证明力。例如，在某些案件中，即使询证函上注明“仅作审计报表之用，其他方面用途无效”，但基于该询证函是由双方当事人在其上对债务予以确认并加盖公章的事实，法院仍然会认可其法律效力。

此外，《中华人民共和国合同法》规定，合同中约定的义务必须履行。若合同中明确规定了需对审计过程中的询证函作出回应，则不回复将被视为违约。这从侧面反映了询证函在法律上的重要性和约束力。

四. 我的建议

虽然企业没有留存询证函的副本不影响其法律效力，但为了防范风险，企业还是应当妥善保管所有重要的法律文件，包括询证函。这样可以在需要时提供充分的证据支持，避免因文件丢失或损坏而带来的不必要的麻烦和损失。

综上所述，询证函盖章后企业没有留存，并不影响其法律效力。但为了企业自身的权益和风险防范，建议企业还是应当妥善保管所有重要的法律文件。如有进一步需要，您可以继续咨询我。