关于企业函证盖财务章是否有效的问题，这主要取决于函证的具体内容、使用场景以及相关法律法规和司法实践的理解。以下是对此问题的详细解答：
首先，我们需要明确财务章和公司印章在法律上的地位和功能。财务章通常用于公司的财务活动，如开具发票、对账等，它代表了公司在财务方面的授权和确认。而公司印章，尤其是公章，则是公司对外行使权力、承担义务的重要标志，具有更广泛的法律效力。
在司法实践中，关于财务章能否代替公司印章的问题，存在不同的理解和判断。一方面，有观点认为财务章和公司印章是两种不同类型的印章，它们各自具有特定的功能和适用范围，因此不能随意互相替代。特别是在订立合同等需要明确双方权利义务的场合，使用公司印章通常被视为更正式、更具有法律效力的方式。
另一方面，也有司法实践表明，在某些特定情况下，加盖财务章的函证也可能被视为有效。这主要取决于函证的具体内容、双方当事人的交易习惯以及相关法律法规的规定。例如，在您提供的案例中，被告B公司在原告A公司出具的发票和对账函上加盖了其财务章，并认可了这些文件上的内容。在这种情况下，法院认为被告B公司加盖财务章的行为是对文件内容的认可，因此判决支持了原告的诉讼请求。
然而，这并不意味着在所有情况下加盖财务章的函证都有效。如果函证涉及的是公司的重要决策、合同订立等需要明确双方权利义务的场合，或者双方当事人在交易习惯中明确要求使用公司印章，那么加盖财务章可能就不被视为有效。
此外，还需要注意的是，即使加盖了财务章的函证在法律上被视为有效，但如果该财务章存在私刻、未备案等违法情况，或者加盖行为并非公司的真实意思表示，那么该函证仍然可能面临被撤销或无效的风险。
总结与建议：
明确函证内容和使用场景：在出具函证前，应明确函证的具体内容和使用场景，以确定是否需要使用公司印章。
遵循交易习惯和法律法规：在交易过程中，应遵循双方当事人的交易习惯和相关法律法规的规定，确保函证的合法性和有效性。
加强印章管理：公司应加强对印章的管理，确保印章的合法性和安全性。对于财务章等专用印章，应明确其使用范围和审批流程，防止私刻、滥用等违法情况的发生。
咨询专业法律意见：在涉及重要决策或合同订立等场合，建议咨询专业法律意见，以确保函证的合法性和有效性。