企业询证函上加盖了与备案不符的章，可能会带来一系列后果，这些后果主要涉及到法律、财务和信誉等多个方面。以下是对此问题的详细解答：
一、法律后果
合同效力问题：
- 如果询证函被视为合同或合同的一部分，加盖非备案章可能导致合同效力受到质疑。根据相关法律规定，合同上的印章应当是真实、有效的，以证明合同双方的意愿和承诺。如果印章不符，可能引发关于合同真实性和有效性的争议。
法律责任：
- 在法律纠纷中，如果企业无法证明询证函上的印章是其真实意愿的表示，或者该印章的使用未经授权，企业可能面临法律责任。这包括但不限于因违约、欺诈等行为而承担的赔偿责任。
二、财务后果
审计问题：
- 询证函是审计过程中常用的确认账户余额、交易事项等真实性的重要手段。如果询证函上的印章不符，审计师可能无法确认其真实性，从而影响审计报告的准确性和可靠性。这可能导致企业需要重新提供证明文件或接受更严格的审计程序。
财务信誉：
- 印章不符可能引发外界对企业财务管理的质疑，影响企业的财务信誉。这可能导致合作伙伴、投资者等对企业失去信任，进而影响企业的业务合作和融资能力。
三、信誉与业务影响
商业信誉：
- 印章作为企业身份的重要象征，其真实性和有效性直接关系到企业的商业信誉。如果询证函上的印章不符，可能损害企业在市场上的形象和声誉，影响企业的长期发展。
业务合作：
- 合作伙伴在收到印章不符的询证函后，可能对企业的诚信度和合作意愿产生怀疑，从而影响双方的业务合作。这可能导致企业失去重要的商业机会或合作伙伴。
四、建议与措施
加强印章管理：
- 企业应建立健全印章管理制度，明确印章的使用范围、审批程序和保管责任。确保印章的使用符合法律法规和企业内部规定。
及时沟通与解释：
- 如果发现询证函上的印章不符，企业应及时与相关方进行沟通，解释原因并提供证明文件。以消除误解和疑虑，维护企业的信誉和合作关系。
寻求法律帮助：
- 在涉及法律纠纷或潜在法律风险的情况下，企业应寻求专业法律帮助，以维护自身合法权益并降低潜在损失。
综上所述，企业询证函上加盖与备案不符的章可能带来严重的法律、财务和信誉后果。因此，企业应高度重视印章管理问题，确保印章的真实性和有效性，以维护企业的合法权益和长期发展。