关于企业询证函签字是否有效的问题，这主要取决于签字的形式以及是否符合相关法律法规的规定。

首先，我们需要明确的是，签字的有效性并不完全取决于其是纸质形式还是电子形式。根据《中华人民共和国电子签名法》第三条的规定，民事活动中的合同或其他文件、单证等文书，当事人可以约定使用或不使用电子签名、数据电文。若当事人约定使用电子签名、数据电文的文书，则不得仅因其采用电子形式而否定其法律效力。这意味着，在符合法律规定的情况下，电子签字同样具有法律效力。

对于企业询证函而言，如果其以电子形式存在，并且满足以下条件，那么电子签字是有效的：

1. 能够识别签名人身份：电子签字必须能够准确地识别出签字人的身份，以确保签字的真实性和可靠性。
2. 表明签名人认可内容：电子签字必须能够表明签字人认可询证函中的内容，这是签字有效性的核心要素。
3. 符合法律法规规定：电子签字的使用必须符合相关法律法规的规定，包括但不限于电子签名法、数据保护法等。

当然，如果企业询证函是以纸质形式存在，并且签字是手写的，那么只要签字真实、清晰，且符合相关法律法规的规定，那么这种签字同样是有效的。

此外，还需要注意的是，不同地区和行业可能对企业询证函的签字形式有特定的要求或规定。因此，在实际操作中，建议企业根据具体情况咨询相关法律专业人士或机构，以确保询证函的签字形式符合法律法规和行业要求。

综上所述，企业询证函的签字有效性并不取决于其是纸质还是电子形式，而是取决于签字是否真实、清晰，且符合相关法律法规和行业要求。在符合这些条件的情况下，无论是纸质签字还是电子签字，都是有效的。