关于集体土地上合作自建房协议的效力认定，这是一个涉及土地法律、合同法以及相关政策的问题。以下是对此问题的详细解答：
一、合作自建房协议的基本性质
合作自建房协议，通常指一方提供土地（多为宅基地），另一方提供资金，双方合作在土地上建造房屋，并约定房屋建成后的权益分配。然而，这类协议在法律效力上存在诸多复杂性，尤其是当涉及集体土地（特别是宅基地）时。
二、宅基地的法律性质
使用权与所有权分离：宅基地属于农村集体所有，村民只有使用权，没有所有权。这意味着村民不能自由买卖宅基地，也不能通过合作建房的方式变相转让宅基地使用权。
身份属性：宅基地使用权与村民的特定身份紧密相关，非本集体经济组织成员通常无法获得宅基地使用权。
三、合作自建房协议的效力分析
违反法律法规：由于宅基地的特殊性，合作自建房协议往往涉及非法转让宅基地使用权，这违反了国家关于农村土地管理的法律法规。因此，这类协议中涉及宅基地使用权转让的部分通常被认定为无效。
合同部分有效与部分无效：虽然协议中涉及宅基地使用权转让的部分无效，但协议中其他关于房屋建造、资金投入、权益分配等条款可能仍然有效。这意味着双方可能需要根据协议的实际履行情况，就房屋建造费用、已投入资金的返还等问题进行协商或诉讼。
政策风险：合作建房还面临政策风险。由于国家政策可能随时调整，合作建房项目可能因不符合新的政策要求而被叫停或拆除。这将给双方带来巨大的经济损失和法律风险。
四、实际案例
以郑州市金水区王先生与惠济区李大伯的合作建房案为例，双方签订了《合作建房协议》，但在拆迁后因权益分配问题产生纠纷。法院最终认定协议中涉及宅基地使用权转让的部分无效，但双方对涉案合建的房屋各享有50%的权利，因此与房屋有关的拆迁补助、搬家补助费等按份共有。这一案例充分说明了合作自建房协议在法律效力上的复杂性和不确定性。
五、建议
谨慎签订协议：在签订合作自建房协议前，双方应充分了解相关法律法规和政策要求，确保协议内容合法有效。
咨询专业人士：建议咨询专业的法律人士或土地管理部门，以获取准确的法律意见和政策指导。
考虑风险承受能力：合作建房存在诸多不确定性和风险，双方应充分评估自己的风险承受能力，并做好相应的风险准备。
综上所述，集体土地上合作自建房协议的效力认定是一个复杂而敏感的问题。在签订和执行这类协议时，双方应谨慎行事，充分了解相关法律法规和政策要求，并寻求专业法律意见以降低风险。