乙方同意甲方没收履约保证金，双方确实需要签订一份书面协议来明确这一事项。

在合同纠纷领域，当双方就某一具体事项达成一致意见时，为了保障各自的权益，避免后续产生不必要的争议，签订书面协议是非常必要的。对于乙方同意甲方没收履约保证金这一情况，以下是我给出的详细建议：

1. 协议内容：

   • 明确事项：协议中应明确说明乙方同意甲方没收履约保证金的具体原因、金额以及没收后的处理方式等。
   • 双方权利义务：明确双方在没收履约保证金后的权利义务，如甲方有权如何使用该保证金，乙方在没收后是否还需承担其他责任等。
   • 违约责任：约定如任何一方违反协议应承担的违约责任，以确保协议的严肃性和执行力。

2. 协议形式：

   • 书面形式：建议采用书面形式签订协议，以确保双方对协议内容的理解和认可，并便于后续保存和查证。
   • 签字盖章：协议应由双方签字或盖章确认，以体现双方的真实意愿和协议的正式性。

3. 法律效力：

   • 合法合规：确保协议内容合法合规，不违反相关法律法规的规定，否则协议可能无效。
   • 证据留存：签订协议后，双方应妥善保存协议原件，以便在后续可能发生的争议中作为证据使用。

综上所述，乙方同意甲方没收履约保证金时，双方应签订一份书面协议来明确相关事项。这不仅有助于保障双方的权益，还能有效避免后续可能产生的争议。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。