建筑公司作为施工单位，在多种情形下确实负有清偿农民工工资的责任。具体分析如下：

一. 违法转包、分包或挂靠导致的清偿责任

1. 违法转包、分包：根据《保障农民工工资支付条例》，如果建筑公司作为施工总承包单位，将工程转包或分包给不具备用工主体资格的组织或个人，并因此导致拖欠农民工工资，建筑公司需先行清偿，并有权向转包方或分包方追偿。
2. 允许挂靠经营：若建筑公司允许其他单位或个人以本公司名义承揽工程，并导致拖欠农民工工资，建筑公司同样需承担清偿责任。

二. 未落实工资支付保障制度导致的清偿责任

1. 未开设或使用农民工工资专用账户：如果建筑公司未按规定开设或使用农民工工资专用账户，导致工资无法正常发放，将需承担相应的清偿责任。
2. 未存储工资保证金：建筑公司未按要求存储工资保证金，在发生拖欠农民工工资时，也需直接承担清偿责任。
3. 未实行劳动用工实名制管理：若建筑公司未实施劳动用工实名制管理，导致无法核实农民工工作情况和工资数额，进而影响工资支付，也需对农民工工资进行清偿。

三. 因建设单位原因导致的拖欠与建筑公司的清偿责任 虽然因建设单位未按照合同约定及时拨付工程款导致施工单位拖欠农民工工资的，建设单位应以未结清的工程款为限先行垫付农民工工资，但建筑公司作为与农民工建立用工关系的主体，在建设单位垫付后仍负有最终清偿责任。

综上所述，建筑公司在多种情形下确实负有清偿农民工工资的责任。因此，我建议建筑公司应严格遵守相关法律法规，规范用工管理，确保农民工的合法权益得到切实保障。如有进一步需要，您可以继续咨询我。