自动监测不符合运行规范，将由县级以上人民政府环境保护主管部门责令限期改正，并可能处以罚款，逾期不改正的，还可能被责令停产整治。具体分析如下：
法律依据：
- 根据《水污染防治法》第七十二条，未按照规定安装水污染物排放自动监测设备或者未按照规定与环境保护主管部门的监控设备联网，并保证监测设备正常运行的，由县级以上人民政府环境保护主管部门责令限期改正；逾期不改正的，处一万元以上十万元以下的罚款。
- 根据《大气污染防治法》第一百条，违反规定，有相关情形之一的，由县级以上人民政府环境保护主管部门责令改正，处二万元以上二十万元以下的罚款；拒不改正的，责令停产整治。
- 根据《污染源自动监控管理办法》第十六条，现有排污单位未按规定的期限完成安装自动监控设备及其配套设施的，由县级以上环境保护部门责令限期改正，并可处1万元以下的罚款。第十七条则规定，新建、改建、扩建和技术改造的项目未安装自动监控设备及其配套设施，或者未经验收或者验收不合格的，主体工程即正式投入生产或者使用的，由审批该建设项目环境影响评价文件的环境保护部门责令停止主体工程生产或者使用，可以处10万元以下的罚款。
实际案例：
- 例如，某公司因未保证自动监测设备正常运行，被上海市闵行区生态环境局依据《中华人民共和国水污染防治法》相关规定处以罚款。该公司污水处理设施正常运行，有废水排放，但因数采仪流量阈值设置不合理，导致采样器未判断有流量，造成废水在线监控数据与生产工况、设施运行情况不符，构成“未保证监控设备正常运行”。
我建议，企业应严格按照环境保护有关法律法规和标准规范安装、使用、维护污染物排放自动监测设备，确保自动监测数据的真实、准确、完整、有效，以避免可能的法律风险和经济损失。如有进一步需要，您可以继续咨询我。