自定管理办法不科学，可能违反《中华人民共和国公司法》或相关行政法规中关于公司治理、企业管理及员工权益保护的规定。具体分析如下：

一. 违反《中华人民共和国公司法》的可能性

1. 公司治理结构：根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，公司应当建立科学的治理结构，确保公司决策的科学性和合理性。如果自定管理办法不科学，可能导致公司治理结构失衡，决策失误，从而违反公司法关于公司治理的基本要求。
2. 员工权益保护：公司法也强调了对员工权益的保护。不科学的管理办法可能损害员工的合法权益，如不合理的工作安排、不公正的薪酬福利体系等，这些都可能违反公司法中关于员工权益保护的规定。

二. 违反相关行政法规的可能性

1. 企业管理规范：国家通过行政法规对企业管理进行了规范，要求企业建立科学、合理的管理制度。自定管理办法如果不科学，可能违反这些行政法规，导致企业管理混乱，影响企业的正常运营和发展。
2. 行业特定规定：某些行业可能有特定的管理规定，要求企业遵循科学的管理方法和流程。如果自定管理办法与这些行业规定相悖，也可能构成违法。

我的观点：自定管理办法不科学可能违反《中华人民共和国公司法》或相关行政法规，具体违反哪条规定需要根据管理办法的具体内容以及实施过程中的具体情况来判断。如果企业发现自身的管理办法存在不科学之处，应及时进行调整和优化，以确保符合法律法规的要求，并维护企业的合法权益和员工的正当权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。