厂房办证历史遗留问题主要依据《中华人民共和国土地管理法》《中华人民共和国城乡规划法》《不动产登记暂行条例》等法律法规进行处理。以下是对这些法律条文的详细分析：

一. 《中华人民共和国土地管理法》

• 该法规定了土地的所有权和使用权，以及土地的利用、保护和管理。在厂房办证历史遗留问题中，如果涉及土地权属不清、土地使用权证缺失或违法用地等问题，需要依据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定进行处理。

二. 《中华人民共和国城乡规划法》

• 该法主要规范了城乡规划的制定、实施、修改以及监督检查等活动。在厂房办证过程中，如果厂房的建设未取得建设工程规划许可证或未按照建设工程规划许可方案进行建设，将构成违法建设，需要依据《中华人民共和国城乡规划法》的相关规定进行处罚并补办规划手续。

三. 《不动产登记暂行条例》

• 该条例明确了不动产登记的类型、程序、机构以及登记信息的共享和保护等内容。对于厂房办证历史遗留问题，如果涉及房产证的补办或不动产登记的其他问题，需要依据《不动产登记暂行条例》的相关规定进行办理。

我建议：在处理厂房办证历史遗留问题时，应首先了解并遵守当地的城市规划和建设法规，然后按照相关法律法规的要求逐步解决补证问题。如果涉及多个部门或复杂的法律程序，可以寻求专业律师的帮助以确保问题得到妥善解决。