市场监管总局行政处罚自由裁量适用意见目前依然有效。具体分析如下：

一. 行政处罚自由裁量权的依据

• 根据《广东省市场监督管理局关于行政处罚自由裁量权的适用规则》，其制定主要依据包括《中华人民共和国行政处罚法》以及国家市场监督管理总局《关于市场监督管理部门正确行使行政处罚裁量权的指导意见》等。这表明，市场监管总局的行政处罚自由裁量适用意见，即上述指导意见，是行政处罚自由裁量权的重要依据之一。

二. 行政处罚自由裁量权的适用范围

• 上述《行政处罚自由裁量权的适用规则》明确指出，该规则仅适用省局行使行政处罚自由裁量权，各地市市场监督管理局可以参照本规则制定。这意味着，市场监管总局的行政处罚自由裁量适用意见，在相应层级的市场监管部门中，具有指导和参照作用。

三. 行政处罚自由裁量权的现行有效性

• 鉴于《行政处罚自由裁量权的适用规则》及其相关依据均未提及该指导意见已失效或被替代，且该指导意见作为市场监管总局对行政处罚自由裁量权的重要规范，依然被地方市场监督管理局在制定本市系统行政处罚自由裁量权的适用规则时所参照。因此，可以判断市场监管总局的行政处罚自由裁量适用意见目前依然有效。

综上所述，市场监管总局的行政处罚自由裁量适用意见，作为行政处罚自由裁量权的重要依据，在目前的市场监管行政处罚实践中依然有效。如有进一步需要，您可以继续咨询我。