员工工资核算未经签字确认，后续补签时员工不认同的情况，需根据具体情形判断处理。以下是详细分析：

一. 工资核算签字的法律意义

1. 签字确认的效力：根据《劳动合同法》的相关规定，虽然法律并未明确规定工资条必须签字确认，但签字确认通常被视为员工对工资条内容的认可。若员工在工资核算后签字，一般视为对工资数额及构成无异议。
2. 未签字的风险：若工资核算未经员工签字确认，一旦出现纠纷，员工可能会以未确认工资数额为由提出异议，增加用人单位的举证难度。

二. 员工不认同工资核算的处理

1. 沟通协商：首先，应与员工进行充分沟通，了解其不认同的具体原因，如是否对某项扣款、奖金或津贴有异议。通过沟通，可以尝试解决员工的疑虑，达成一致意见。
2. 核查工资核算：用人单位应仔细核查工资核算的准确性和合规性，确保无误。若发现确实存在错误，应及时更正，并与员工沟通确认。
3. 书面证据：若员工坚持不认同工资核算，且沟通无果，用人单位应保留好相关书面证据，如工资条、考勤记录、奖金发放记录等，以备后续可能的法律纠纷。

三. 法律途径解决

1. 内部解决机制：用人单位可尝试通过内部调解或劳动争议调解委员会等机制解决纠纷。
2. 劳动仲裁或诉讼：若内部解决无果，员工或用人单位均可向当地劳动仲裁委员会申请仲裁，或依法向人民法院提起诉讼。

我建议：在处理此类纠纷时，用人单位应秉持公平、公正的原则，充分尊重员工的权益。同时，也应加强内部管理，确保工资核算的准确性和透明度，避免类似纠纷的发生。如有进一步需要，您可以继续咨询我。