寺院工程合同纠纷通常是可以适用仲裁的。不过，具体是否适用，还需根据具体情况来判断。以下是对这一问题的详细分析：

1. 仲裁的适用性：

   • 仲裁作为一种解决争议的方式，具有专业性、灵活性与保密性，常被用于解决各类合同纠纷，包括工程合同纠纷。
   • 如果寺院工程合同中明确约定了仲裁条款，且该条款合法有效，那么当合同双方发生纠纷时，可以依据该条款向约定的仲裁机构申请仲裁。
   • 仲裁裁决具有法律效力，当事人应当履行。如果一方不履行仲裁裁决，另一方可以向法院申请强制执行。

2. 特殊情况下的不适用：

   • 并非所有工程合同纠纷都适合仲裁。例如，如果纠纷涉及公共利益、社会安全等特殊情况，可能不宜通过仲裁解决，而更适合通过诉讼等其他方式解决。
   • 如果合同中未约定仲裁条款，或者约定的仲裁条款无效（如仲裁机构不明确、仲裁事项超出仲裁机构受理范围等），那么当事人就不能通过仲裁方式解决纠纷，而应当向法院提起诉讼。

3. 建议与注意事项：

   • 在签订寺院工程合同时，双方应当充分考量纠纷解决方式的选择，并在合同中明确约定仲裁条款，以避免日后发生争议时带来不必要的麻烦。
   • 如果合同已经签订，且未约定仲裁条款，或者约定的仲裁条款不明确或无效，那么当事人在发生纠纷时应当及时咨询专业律师，以确定最合适的纠纷解决方式。

综上所述，寺院工程合同纠纷在大多数情况下是可以适用仲裁的，但具体是否适用还需根据合同的具体内容以及纠纷的实际情况来判断。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。