事业单位工作人员当小三，会根据其情节的严重程度给予相应的纪律处分。具体处理办法如下：

一. 依据法规进行处分

根据《行政机关公务员处分条例》第二十九条，公职人员有下列行为之一的，给予警告、记过或者记大过处分；情节较重的，给予降级或者撤职处分；情节严重的，给予开除处分：

1. 拒不承担赡养、抚养、扶养义务的；
2. 虐待、遗弃家庭成员的；
3. 包养的；
4. 严重违反社会公德的行为。

有前款第（三）项行为的，给予撤职或者开除处分。事业单位工作人员搞婚外情，虽不完全等同于包养情人，但也属于严重违反社会公德的行为，因此同样适用上述处分规定。

二. 处理方式的具体应用

1. 轻微情节：如果婚外情行为情节轻微，未对单位形象造成明显影响，通常会给予警告、记过或记大过等处分。
2. 较严重情节：若行为情节较重，如长期存在婚外情关系，或给单位带来了实际损失与影响，且在组织谈话中拒不悔改，可能面临降职或撤职处分。
3. 严重情节：当行为情节非常严重，如涉及包养情人、造成恶劣社会影响等，可能会被解除聘用合同，即开除公职。

三. 证据收集与认定

在处理此类问题时，证据的收集与认定至关重要。相关证据可以包括但不限于：“保证书”、“道歉书”等书面材料，警方笔录，单位处理决定，双方来往的书信、短信、电子邮件等。这些证据需要经过合法途径获取，并经过相关程序认定其真实性。

四. 重视社会公德与职业道德

公职人员作为国家机关和公共机构的代表，应当模范遵守社会公德和职业道德。包养情人的行为严重违反了这些道德规范，损害了公职人员的形象和公信力。因此，在处理此类问题时，应当强调公职人员的道德责任和社会责任。

我的观点：事业单位工作人员当小三，不仅违反了职业道德和社会公德，也可能对其职业生涯造成严重影响。我建议所有公职人员都应自觉遵守相关规定，维护良好的个人形象和职业操守。如有进一步需要，您可以继续咨询我。