违反公司纪律克扣工资是否合法，需根据具体情况来判断。

1. 合法克扣的情形：

   • 如果劳动者存在肆意迟到等违反劳动纪律的行为，且用人单位的规章制度中有明确的考勤扣款规定，那么合乎情理的考勤扣款是被允许的。但扣款金额不得超出员工正常日薪，日薪计算公式为：月工资÷21.75天。
   • 如果劳动者因个人工作失职等原因造成公司损失，公司可根据经济损失的具体数额，月扣除劳动者部分工资，但不得超过劳动者当月工资的20%。如果扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。

2. 非法克扣的情形：

   • 用人单位无故克扣劳动者工资，如请假扣3倍工资、工作绩效未达标扣工资（除非绩效奖金明确约定在合同中，且未达标情况有明确规定）、以捐赠为由扣工资等，这些都属于违法行为。
   • 孕期女员工产检期间被扣工资也是违法的，因为《劳动法》规定，怀孕女职工在劳动时间内进行产前检查，检查期间的工时应按出勤对待。
   • 员工辞职时，用人单位故意拖欠和克扣员工工资同样属于违法行为。

法律依据：

• 《中华人民共和国劳动法》第五十条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
• 《中华人民共和国劳动合同法》第三十条：用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。

结论：因此，违反公司纪律克扣工资是否合法，关键在于克扣的理由和金额是否合法合理。如果用人单位的克扣行为没有法律依据或违反了相关法律法规，劳动者可以依法维护自己的合法权益。