实习生上班无打卡扣底薪是否合法，取决于具体的劳动合同或实习协议中的约定，以及公司的规章制度。以下是对这一问题的详细分析：

1. 劳动合同或实习协议的约定：

   • 如果劳动合同或实习协议中明确规定了无打卡将扣除底薪的条款，并且这一条款不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照约定扣除底薪是合法的。
   • 但如果协议中没有相关规定，或者规定与法律法规相冲突，公司则不能随意扣除实习生的底薪。

2. 公司的规章制度：

   • 某些公司可能在其规章制度中规定了员工（包括实习生）的考勤管理制度，如果实习生未按照制度要求打卡，公司可能会根据规章制度进行处罚，包括扣除底薪。
   • 但规章制度的制定和执行也必须符合法律法规的要求，不能侵犯实习生的合法权益。

3. 法律法规的约束：

   • 实习生虽然与公司之间可能不构成正式的劳动关系，但仍然受到相关法律法规的保护。公司不能无故克扣实习生的工资或底薪。
   • 如果公司扣除了实习生的底薪，而实习生认为这一做法不合法，可以通过法律途径维护自己的权益。

综上所述，实习生上班无打卡扣底薪是否合法，需要具体看劳动合同或实习协议的约定以及公司的规章制度。如果实习生对此有疑问或认为自己的权益受到了侵犯，建议及时向我咨询，以便得到专业的法律帮助。