律师申请查被告单位工资流水，公司不能简单地不受理。针对这个问题，我们可以从以下几个方面来详细分析：

1. 法律依据：在涉及法律诉讼的情况下，律师有权根据法律程序申请查阅相关证据，这包括被告单位的工资流水。这是为了保障诉讼的公正性和查明案件事实的需要。因此，公司应当配合律师的合法申请，提供所需的工资流水信息。

2. 配合义务：作为诉讼参与方，公司有义务协助法院和律师查明案件事实。如果律师的申请符合法律程序，且提供了必要的法律文件（如法院的调查令、律师执业证书等），公司应当积极配合，不得无故拒绝或拖延。

3. 特殊情况处理：当然，也存在一些特殊情况，比如涉及商业秘密、个人隐私等敏感信息时，公司可能需要谨慎处理。在这种情况下，公司可以与律师沟通，寻求在保护敏感信息的前提下，提供必要的信息协助。但即便如此，公司也不能简单地不受理律师的申请，而应积极寻求解决方案。

综上所述，律师申请查被告单位工资流水是法律程序中的一部分，公司应当积极配合。如果公司有任何疑虑或特殊情况需要处理，可以与律师进行沟通协商，但不得无故拒绝或拖延律师的合法申请。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。