私自克扣干部职工车补作为单位派车支出是不合法的。下面我将从法律角度详细解释这一问题：

1. 车补的性质：

   • 车补，即车辆补贴，通常是单位为了补偿干部职工因工作需要使用私人车辆而产生的费用而发放的一种补贴。它属于干部职工的劳动报酬或福利待遇的一部分。

2. 克扣车补的合法性分析：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》和相关法律法规，单位应当按时足额支付劳动者的工资和福利待遇，不得无故克扣或拖欠。
   • 车补作为干部职工福利待遇的一部分，单位无权私自克扣，除非有明确的法律依据或双方协商同意。
   • 将车补克扣作为单位派车支出的做法，实质上是改变了车补的发放目的和用途，侵犯了干部职工的合法权益。

3. 单位派车支出的正确处理方式：

   • 单位派车产生的费用应当通过正常的财务渠道进行报销和处理，而不应克扣干部职工的车补来抵充。
   • 如果单位需要干部职工承担部分或全部派车费用，应当与干部职工进行协商，并签订相关协议，明确费用承担方式和标准。

4. 法律建议：

   • 如果干部职工发现自己的车补被私自克扣作为单位派车支出，可以向单位提出异议，要求单位恢复车补的发放，并补发被克扣的部分。
   • 如果单位拒绝改正，干部职工可以向当地劳动监察部门投诉，寻求法律援助和保护。

综上所述，私自克扣干部职工车补作为单位派车支出是不合法的，单位应当遵守相关法律法规，保障干部职工的合法权益。如果你在这方面遇到了问题，可以直接向我咨询，我会为你提供更详细的法律帮助和建议。