存疑不起诉并不一定会直接追究公安机关的责任，这取决于案件侦查过程中公安机关的行为是否合法、合规以及是否尽到合理努力。以下是对此问题的详细分析：
一、存疑不起诉的基本概念
存疑不起诉，也称证据不足的不起诉，是指在刑事诉讼过程中，检察机关对于经过补充侦查的案件，仍然认为证据不足，不符合起诉条件，从而作出的不起诉决定。
二、通常不追究责任的情形
在正常的司法实践中，公安机关在侦查过程中如果已经按照法定程序、尽到合理努力收集证据，只是因为案件本身证据的局限性导致最终存疑不起诉，那么通常情况下不会追究公安机关的责任。这是因为证据的充分与否受到多种因素影响，不能单纯因存疑不起诉就认定公安机关工作存在问题。
三、可能追究责任的情形
然而，如果公安机关在案件侦查过程中存在以下违法违规行为，导致证据收集存在重大瑕疵、证据灭失或者对案件事实认定出现严重偏差等情况，进而造成存疑不起诉的结果，那么可能会追究公安机关相关人员的责任：
四、公安机关的应对与改进
当人民检察院作出存疑不起诉决定后，公安机关应当尊重并执行这一决定。同时，公安机关也应当对案件进行复盘和反思，分析侦查过程中是否存在问题或不足，以便在未来的工作中加以改进。如果公安机关认为人民检察院的不起诉决定有误，可以依法提出复议或提请复核。
五、存疑不起诉后的行政责任
值得注意的是，即使刑事案件因证据不足而存疑不起诉，被不起诉人仍可能面临行政处罚。如果其行为违反了相关行政法规，公安机关可以依法对其进行行政处罚。例如，对于传播淫秽物品但证据不足以构成刑事犯罪的案件，被不起诉人可能因违反《中华人民共和国治安管理处罚法》而受到行政拘留、罚款等行政处罚。
综上所述，存疑不起诉后是否会追究公安机关的责任，需要根据具体情况进行判断。公安机关在侦查过程中应严格遵守法律法规，尽到合理努力收集证据，以确保案件的公正处理。如果您对此类问题有进一步的疑问或需要更详细的法律咨询，请直接向我提问。