针对您提出的问题，“持票人因超过票据权利时效仍享有民事权利的案由如何确定”，以下是对此问题的详细解答：
一、票据权利时效与民事权利的关系
首先，我们需要明确票据权利时效与民事权利之间的区别与联系。票据权利时效，是指持票人对票据债务人请求支付票据金额的期限。一旦超过这个期限，持票人将丧失票据权利，即不能再依据票据上的记载向票据债务人行使付款请求权或追索权。然而，这并不意味着持票人完全丧失了所有权利。
根据《中华人民共和国票据法》的相关规定，持票人因超过票据权利时效或者因票据记载事项欠缺而丧失票据权利的，仍享有民事权利。这种民事权利主要体现为“利益返还请求权”，即持票人可以请求出票人或者承兑人返还其与未支付的票据金额相当的利益。
二、案由的确定
在持票人因超过票据权利时效而提起的诉讼中，案由的确定应基于以下两点：
法律依据：持票人的诉讼请求应基于《票据法》中关于利益返还请求权的规定。因此，案由应明确体现这一法律依据，如“票据利益返还请求权纠纷”。
事实基础：持票人需要证明其原本享有票据权利，但因超过票据权利时效而丧失。同时，持票人还需证明出票人或承兑人因此获得了与未支付票据金额相当的利益。这些事实将构成持票人提起诉讼的事实基础。
三、诉讼过程中的注意事项
在提起票据利益返还请求权纠纷之诉时，持票人应注意以下几点：
诉讼时效：虽然持票人享有民事权利，但这一权利的行使仍应遵守民法中关于民事权利诉讼时效的规定。因此，持票人应在法律规定的诉讼时效期间内提起诉讼。
证据收集：持票人应充分收集证据，以证明其原本享有票据权利、因超过票据权利时效而丧失以及出票人或承兑人因此获得的利益。这些证据将对于诉讼的胜败具有决定性作用。
法律程序：持票人应按照法律程序提起诉讼，包括提交起诉状、提供证据、参加庭审等。在诉讼过程中，持票人应积极配合法院的工作，以确保诉讼的顺利进行。
四、总结
综上所述，持票人因超过票据权利时效仍享有民事权利的案由应确定为“票据利益返还请求权纠纷”。在提起诉讼时，持票人应明确法律依据和事实基础，并注意诉讼时效、证据收集以及法律程序等方面的要求。通过依法行使利益返还请求权，持票人可以维护自身的合法权益。