结论前置：第三方以已赔偿完毕为由拒绝雇主追偿，是否合法需根据具体情况判断。若第三方确实已按法律规定或协议约定完全履行了赔偿义务，则其拒绝追偿是合法的；若第三方未完全履行赔偿义务，或存在其他法定追偿情形，则其拒绝追偿是不合法的。

详细分析：

1. 已完全履行赔偿义务：

   • 若第三方之前与雇主或受伤员工之间已达成赔偿协议，并且已按照协议约定完全支付了赔偿款项，那么第三方就履行了其赔偿义务。在此情况下，如果雇主再次向第三方追偿，第三方有权以已赔偿完毕为由拒绝，这是合法的。

2. 未完全履行赔偿义务：

   • 若第三方虽然进行了部分赔偿，但并未完全履行其赔偿义务，例如未支付全部医疗费用、未支付残疾赔偿金等，那么雇主仍有权向第三方追偿剩余部分。此时，第三方以已赔偿完毕为由拒绝追偿是不合法的。

3. 存在法定追偿情形：

   • 在某些情况下，即使第三方已进行了赔偿，但如果存在法定追偿情形，如第三方故意造成员工伤害、存在重大过失等，雇主仍有权向第三方追偿。此时，第三方同样不能以已赔偿完毕为由拒绝追偿。

法律建议：

• 在处理此类问题时，建议雇主首先明确与第三方之间的赔偿协议内容，确认是否已完全履行赔偿义务。
• 若存在争议，建议雇主咨询专业律师，通过法律途径解决纠纷。
• 同时，雇主也应关注员工的权益保护，确保员工在受伤后能够得到及时、充分的赔偿。

行动指南：

• 检查与第三方之间的赔偿协议及支付记录，确认赔偿情况。
• 若第三方拒绝追偿且存在未完全履行赔偿义务或法定追偿情形，可准备相关证据材料，通过法律途径维护自身权益。

若你有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可直接向我咨询。