对于施工总承包单位、分包单位未实行劳动实名制管理由哪个部门处罚的问题，我们可以得出以下结论：
施工总承包单位、分包单位未实行劳动实名制管理，由人力资源社会保障行政部门、相关行业工程建设主管部门按照职责责令限期改正；逾期不改正的，将面临相应的罚款及其他可能的处罚。
具体来说：
责令改正与罚款：根据《保障农民工工资支付条例》的相关规定，施工总承包单位、分包单位未实行劳动用工实名制管理的，由人力资源社会保障行政部门、相关行业工程建设主管部门责令限期改正；逾期不改正的，责令项目停工，并处5万元以上10万元以下的罚款。
其他处罚措施：情节严重的，还可能给予施工单位限制承接新工程、降低资质等级、吊销资质证书等处罚。这些措施旨在确保施工总承包单位和分包单位严格遵守劳动实名制管理，保障农民工的合法权益。
综上所述，施工总承包单位、分包单位未实行劳动实名制管理，将面临人力资源社会保障行政部门、相关行业工程建设主管部门的处罚。因此，建议相关单位务必严格遵守相关规定，确保劳动实名制管理的有效实施。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。