结论前置：公司扣回员工已休的年假是否合法，需根据具体情况判断。若公司规章制度或劳动合同中有明确规定，且该规定不违反法律法规，则公司有权扣回；若无明确规定或规定违法，则公司无权扣回。
分析说明：
公司规章制度或劳动合同有明确规定：
- 若公司在规章制度或劳动合同中明确规定了年假的扣回制度，即员工在未满一年离职时，公司有权扣回已休的年假，那么公司按照此规定执行是合法的。
- 但需注意的是，该规定本身不能违反法律法规的强制性规定，如不能侵犯员工的合法权益，不能违反劳动法关于年假的相关规定等。
公司规章制度或劳动合同无明确规定或规定违法：
- 若公司规章制度或劳动合同中未明确规定年假的扣回制度，或者该规定违反了法律法规的强制性规定，那么公司无权扣回员工已休的年假。
- 在这种情况下，公司扣回年假的行为将构成对员工合法权益的侵犯，员工有权向公司提出异议，要求公司恢复年假或给予相应补偿。
法律建议：
- 员工在入职时，应仔细阅读公司的规章制度和劳动合同，了解关于年假等福利待遇的具体规定。
- 若公司规章制度或劳动合同中存在不合法或不合理的规定，员工应及时与公司沟通协商，或向劳动监察部门投诉举报。
- 在遇到公司扣回年假等争议时，员工应保留好相关证据，如劳动合同、规章制度、工资单等，以便在必要时维护自己的合法权益。
行动指南：
- 若你所在公司存在扣回年假的情况，请首先查看公司规章制度和劳动合同中是否有相关规定。
- 若规定不明确或存在争议，建议与公司人事部门沟通协商，寻求解决方案。
- 若协商无果，你可以考虑向当地劳动监察部门投诉举报，或咨询专业律师寻求法律帮助。