当员工因工作导致公司侵权时，赔偿责任的确定和处理是一个涉及多方面因素的问题。以下是对此问题的详细解答：
一、确定侵权事实与法律责任
首先，需要明确是否构成侵权，这需要对相关法律法规进行解读，如《中华人民共和国商标法》、《民法典》等。如果确认构成侵权，那么可能需承担停止侵权行为、消除影响以及赔偿损失等法律责任。
二、详细区分责任归属
公司承担责任的情况：
- 如果员工是在执行工作任务时造成侵权，根据《民法典》第一千一百九十一条，由用人单位承担侵权责任。例如，快递员在派送过程中因疏忽导致包裹丢失或损坏，公司需要承担赔偿责任。
- 如果公司在管理、监督或指示等方面存在过错，导致员工侵权，公司同样需要承担责任。比如，公司未提供必要的安全培训，员工因此违规操作并造成损害，公司需承担相应责任。
员工承担责任的情况：
- 如果员工在工作中存在故意或重大过失导致侵权，员工需要与公司承担连带赔偿责任。公司在赔偿后，有权向该员工追偿。例如，员工闯红灯导致交通事故并造成损害，员工需与公司共同承担责任。
- 如果员工的侵权行为并非职务行为，而是个人行为，那么由员工个人承担全部责任，公司不承担责任。比如，员工在下班后的个人冲突中导致的伤害。
三、处理侵权纠纷的具体步骤
- 立即停止侵权行为：一旦发现侵权，公司和员工应立即停止侵权行为，以防止损害进一步扩大。
- 全面收集证据：积极搜集与侵权事件相关的所有证据，包括监控录像、书面记录、证人证言等，为后续处理提供依据。
- 与受害者协商：主动与受害者进行沟通，协商赔偿事宜，力求通过友好方式解决纠纷。
- 准备法律诉讼：如果协商不成，应做好诉讼准备，包括委托律师、整理证据、撰写诉状等。
四、赔偿金额的确定与支付方式
- 赔偿金额通常根据实际损失来确定，并考虑员工的过错程度、是否故意或重大过失等因素。如果劳动合同中有相关约定，按照约定执行；如果没有约定，则需要结合具体情况进行合理酌定。
- 支付方式可以是一次性赔偿，也可以分期支付。如果是从员工工资中扣除赔偿金额，应确保扣除后的工资不低于当地最低工资标准。
五、寻求专业法律帮助与内部预防
- 面对复杂的侵权纠纷，应及时咨询并委托专业律师，以获取针对性的法律建议和指导。
- 公司应加强内部管理和预防，对侵权事件进行深入调查，明确责任归属和事件发生原因。根据调查结果完善公司管理制度，加强员工的法律意识和职业道德培训，提高员工对侵权行为的认知和防范能力。
综上所述，处理员工因工作导致公司侵权的赔偿问题需要综合考虑多方面因素，明确责任归属，积极应对，并注重内部管理和预防。