如果不同意有独立请求权的第三人参加诉讼，应当向法院提交书面异议。以下是具体的分析：

在诉讼过程中，如果有独立请求权的第三人申请参加诉讼，而你认为其不应当参加诉讼，或者对其提出的诉讼请求有异议，你可以通过向法院提交书面异议的方式来表达你的不同意见。

书面异议应当明确、具体地阐述你不同意有独立请求权的第三人参加诉讼的理由，或者对其诉讼请求的异议内容。例如，你可以指出有独立请求权的第三人与本案无直接利害关系，或者其诉讼请求缺乏事实依据或法律依据等。

提交书面异议后，法院会对异议进行审查，并根据法律规定和案件实际情况作出是否准许有独立请求权的第三人参加诉讼的裁定。如果你对法院的裁定不服，还可以根据法律规定提出上诉或申请复议。

总之，不同意有独立请求权的第三人参加诉讼时，应当及时、明确地向法院提出书面异议，并阐述具体的理由和依据。这样有助于维护你的合法权益，确保诉讼程序的公正、合法进行。