工程超合同是可以的，但具体是否合法、合规以及如何处理，需要根据实际情况来判断。

首先，从法律层面来说，工程价款结算超过合同约定的比例（如百分之30）并不直接违反法律强制性规定。法律规范对工程价款的支付比例并没有强制性的规定，只要双方是通过协商确定的，并且内容合法，那么通常就是有效的。因此，工程超合同本身并不违法。

然而，在实际操作中，工程超合同可能会引发一系列问题，如工程造价超出预算、工期延误、质量风险增加等。这些问题需要双方通过协商、签证、补充协议等方式来解决。

具体来说，如果工程超合同是由于设计变更、工程量清单漏项、材料价格上涨或规费调整等原因导致的，那么双方可以根据合同约定或相关法律法规的规定，办理签证追加超出部分的工程量价款，或者调整材料单价等。这些都需要双方协商一致，并确保合法合规。

此外，为了避免工程超合同带来的风险，建议双方在签订合同时就明确约定工程价款结算的相关事项，如预付工程款的数额、支付时限及抵扣方式，工程进度款的支付方式、数额及时限等。同时，也可以约定承担风险的范围及幅度以及超出约定范围和幅度的调整办法。

总之，工程超合同是可以的，但需要在合法合规的前提下进行，并通过协商、签证、补充协议等方式来解决相关问题。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。