员工申请劳动仲裁时，需要准备的手续和证据主要包括以下几个方面：

一、手续部分

1. 劳动仲裁申请书：这是启动仲裁程序的重要文书，需要写明劳动者与用人单位的基本信息、仲裁请求及事实和理由等。确保信息准确无误，仲裁请求清晰明确。
2. 身份证明：劳动者需要提供身份证以确认主体资格；若用人单位为被申请人，则需要提供其营业执照副本等登记注册资料。
3. 授权委托书：若劳动者委托代理人参与仲裁，还需提交授权委托书，明确代理权限和范围。

二、证据部分

1. 劳动关系证明：劳动合同是最直接的劳动关系证明。若无劳动合同，工资支付记录、社保记录、工作证、考勤记录等也能从侧面证实劳动关系的存在。
2. 工资待遇证明：如工资条、银行转账记录等，用于证明劳动者的劳动报酬情况。
3. 加班事实证明：如加班申请单、加班时的工作记录等，用于支持加班费的诉求。
4. 解除或终止劳动关系证明：如离职通知、离职证明等，用于证明劳动关系的解除或终止情况。
5. 其他相关证据：根据具体争议事项，可能还需要提供其他相关证据，如与争议事项有关的邮件、微信聊天记录、录音录像等。

三、注意事项

1. 证据的真实性、合法性和关联性：确保提供的证据真实有效，与争议事项紧密相关，且符合法律要求。
2. 证据的收集和保存：尽量收集原件或原始载体，若无法获取，则复印件或复制件也需加盖公章或经对方确认。同时，妥善保存证据，避免遗失或损坏。
3. 充分准备：充分准备手续和证据是维护自身权益的关键，可提高仲裁请求获支持的可能性。

综上所述，员工在申请劳动仲裁时，需要按照要求准备相关手续和证据，并确保其真实性、合法性和关联性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。