在委托代建工程中，涉及委托方、代建方与施工单位之间的发票开具问题，以及施工合同中的相关条款，确实需要仔细梳理和明确。以下是对这一问题的详细解答：

一、发票开具

1. 符合“委托代建”条件的情况

   • 代建方与委托方：代建方仅就其提供的代建服务收取的管理费向委托方开具发票，发票应明确标注为“经纪代理服务”，并缴纳相应的增值税。税率一般为6%（一般纳税人）或3%（小规模纳税人，疫情期间可能有优惠）。

   • 施工方与委托方/代建方：根据《国家税务总局关于进一步明确营改增有关征管问题的公告》，如果代建方以内部授权或三方协议等方式，授权施工方直接为委托方提供建筑服务，并由施工方直接与委托方结算工程款，那么施工方应直接向委托方开具增值税发票，并缴纳增值税。此时，代建方不缴纳增值税。

2. 不符合“委托代建”条件的情况

   • 如果代建行为不满足委托代建的条件，如受托方以自己名义立项或发生土地使用权转移，税务机关可能将其视为销售不动产。在这种情况下，受托方需按照销售不动产的相关规定开具发票并缴税。

二、施工合同中的相关条款

1. 发票开具条款

   • 施工合同中应明确发票开具的时间、类型、税率等细节，确保发票的合规性和准确性。

   • 如果涉及内部授权或三方协议，合同中应明确授权或协议的具体内容，以及发票开具的责任方。

2. 税费承担条款

   • 合同中应明确税费的承担方式，是委托方承担、代建方承担还是施工方承担，或者各方按比例承担。

   • 如果税费由委托方承担，代建方或施工方在开具发票时应将税额单独列出。

3. 结算条款

   • 合同中应明确工程款的结算方式，是代建方与委托方结算后，代建方再与施工方结算；还是施工方直接与委托方结算。

   • 结算条款应与发票开具条款相衔接，确保资金流与发票流的一致性。

三、注意事项

1. 合规性：所有发票必须符合税收法规和会计准则，真实反映交易内容、数量和金额，不得虚开或夸大。

2. 及时开具：代建方或施工方应按合同约定或交易实际发生时间及时开具发票，避免拖延或遗漏。

3. 保留凭证：开具发票后，应妥善保管相关凭证和资料，以备后续查证或审计之需。

4. 咨询税务机关：由于税收政策可能存在地区差异，企业在实际操作中应咨询当地税务机关，确保发票开具符合当地规定。

综上所述，委托代建工程中的发票开具问题需要根据具体业务实质和相关税收法规来确定。双方在签订合同时应充分沟通并明确相关条款，以确保发票开具的合规性、真实性和准确性。如有任何疑问或争议，建议及时咨询专业的税务机构或律师进行解答和处理。