工程总承包项目负责人有在建总承包项目并不一定会导致废标，但确实可能影响其参与新项目的投标及执业。以下是对此问题的详细分析：

一、在建项目对投标的影响

1. 招标文件的规定：

   • 许多招标文件在投标资格要求中会明确规定，项目经理不得有在建工程。若项目经理有在建项目，可能不符合投标资格，从而导致废标。

2. 法律法规的约束：

   • 根据《注册建造师执业管理办法》及《房屋建筑和市政基础设施项目工程总承包管理办法》，项目经理不得同时在两个及以上工程项目上担任相应职务。违反此规定，可能面临行政处罚或投标无效等后果。

二、在建项目的查询与判定

• 查询方式：

  • 可通过四库一平台（全国建筑市场监管公共服务平台）等官方渠道查询项目经理的在建项目情况。

• 判定标准：

  • 一般以工程竣工验收报告为准。若项目经理已完成前一个工程建设并提交验收报告，则视为无在建工程。

三、不同情况下的处理

1. 若项目经理有在建工程：

   • 需仔细审查招标文件，确认是否允许有在建项目的项目经理参与投标。
   • 若不允许，则需考虑更换项目经理或放弃投标。

2. 若项目经理无在建工程：

   • 可正常参与投标，并在投标文件中明确声明项目经理无在建工程。

四、法律建议与风险提示

1. 合规性审查：

   • 在投标前，务必对项目经理的在建项目情况进行严格审查，确保符合招标文件及法律法规的要求。

2. 合同约定：

   • 发承包双方可在施工合同中自行约定关于项目经理在建工程的限制条款，明确违约责任，以降低潜在的法律风险。

3. 法律后果：

   • 若因项目经理有在建工程而导致投标无效或面临行政处罚，将给企业带来不必要的损失。因此，务必重视此问题，确保合规性。

综上所述，工程总承包项目负责人有在建总承包项目并不一定会导致废标，但需根据招标文件及法律法规的要求进行合规性审查。若有问题或需进一步咨询，请直接向我提问，我将竭诚为您解答。