结论前置：检察院以证据不足退回公安局后，公安机关自行撤销案件在特定情况下是合法的，但必须符合法律规定的条件和程序。

详细分析：

1. 退回补充侦查的情况：

   • 当检察院在审查起诉阶段认为案件事实不清、证据不足时，会将案件退回公安机关进行补充侦查。此时，公安机关不能直接撤销案件，而应按照检察院的要求，在规定的期限内（通常是一个月以内，且以二次为限）完成补充侦查，并再次移送检察院审查起诉。

2. 撤销案件的合法性：

   • 在补充侦查过程中或补充侦查后，如果发现存在《刑事诉讼法》规定的不追究刑事责任的情形，如没有犯罪事实、情节显著轻微、危害不大等，公安机关可以依法撤销案件。这一决定需报经县级以上公安机关负责人批准，并制作撤案报告。
   • 特别是，如果经过补充侦查后，检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件，并作出存疑不起诉的决定，公安机关原则上应当撤销案件。但若后续发现新证据，足以证明犯罪嫌疑人有罪且符合起诉条件，可重新启动侦查程序。

3. 法律依据：

   • 《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条明确规定了不追究刑事责任的情形。
   • 《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百六十三条明确规定，在侦查过程中，发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，应当撤销案件。
   • 《公安机关办理刑事案件程序规定》也列出了具体可以撤销案件的情形，并规定了撤案的程序要求。

综上所述：检察院以证据不足退回公安局后，公安机关能否自行撤销案件，取决于案件的具体情况和法律规定。在符合法律规定的条件和程序下，公安机关可以撤销案件。但这一决定必须谨慎作出，并确保符合法律的规定和精神。如果您对此类问题有进一步的疑问或需要具体的法律帮助，请直接向我咨询。