关于双方就补充协议有磋商但未签署也未完全履行，一方不认可时协议是否生效的问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

1. 合同成立与生效的原则：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的规定，合同以书面形式订立时，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。这是合同成立的一般原则。
   • 合同生效则需要满足当事人具有相应的订立合同的能力、意思表示真实、不违反法律和社会公共利益等条件。

2. 补充协议未签署但已履行的特殊情况：

   • 如果一方在补充协议签名、盖章或按指印之前已经履行了主要义务，而对方对此表示接受，那么尽管补充协议尚未签署，但合同依然可以成立并具备法律效力。

3. 补充协议未签署且未完全履行的情况：

   • 在这种情况下，如果双方仅就补充协议进行了磋商，但未签署书面协议，也未完全履行协议内容，且一方不认可该协议，那么该补充协议通常不会被视为已经生效。
   • 因为合同的成立需要双方达成合意并以书面形式确认，而协议的生效则需要双方履行相应的义务。在既未签署又未完全履行的情况下，难以认定双方已经达成了具有法律约束力的合意。

4. 法律建议：

   • 如果你面临这样的情况，建议尽快与对方进行沟通，明确双方对补充协议的态度和立场。
   • 如果双方对补充协议的内容存在分歧或争议，可以考虑通过协商、调解或诉讼等方式解决争议。
   • 在处理此类问题时，建议咨询专业律师以获取更具体的法律意见和帮助。

综上所述，双方就补充协议有磋商但未签署也未完全履行，且一方不认可时，该补充协议通常不会被视为已经生效。如果你对此类问题有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。