结论：合同未履行时，一方已签而另一方两年后补签，合同是否有效需视具体情况而定，不能一概而论对方不认为有效。以下从不同角度进行分析：
合同成立与生效的基本原则
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同自双方当事人意思表示一致时成立。若一方已签署合同，而另一方在两年后补签，只要双方在补签时意思表示真实，且合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，合同即成立并生效。
- 关键点：补签行为本身并不影响合同的效力，关键在于双方是否在补签时达成了合意，且合同内容合法。
补签合同的特殊情形
- 追认行为：如果先签署合同的一方在另一方补签前，已经以实际行动履行了合同的主要义务，且另一方在补签时对此表示认可或接受，那么这种补签行为可以视为对之前行为的追认，合同有效。
- 时效问题：虽然合同补签的时间较晚，但并不直接导致合同无效。然而，如果合同涉及诉讼时效等问题，如债权请求权超过诉讼时效期间，对方可能提出时效抗辩，但这并不影响合同本身的效力，只是可能影响权利的实现。
- 合同内容变更：如果在补签时，双方对原合同内容进行了实质性变更，那么变更后的内容将构成新的合同，其效力需根据变更后的内容来判断。
对方不认为有效的可能理由及应对
- 理由一：对方可能认为补签行为并非其真实意思表示，如存在欺诈、胁迫等情形。
- 应对：若对方提出此类抗辩，需提供证据证明补签行为是其真实意思表示，如聊天记录、邮件往来等证明双方就补签事宜进行过协商并达成一致。
- 理由二：对方可能认为合同内容违法或违背公序良俗。
- 应对：需审查合同内容，确保其不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。若合同内容合法，则对方的主张不成立。
- 理由三：对方可能以超过诉讼时效为由拒绝履行合同。
- 应对：需分析合同是否涉及诉讼时效问题，以及是否已超过诉讼时效期间。若未超过，则对方的主张不成立；若已超过，但对方在补签时未提出时效抗辩，且已接受对方履行的，则可能视为放弃时效利益。
建议与措施
- 保留证据：在补签合同前，双方应就合同内容、补签意愿等进行充分沟通，并保留相关证据，如聊天记录、邮件往来等，以证明补签行为是双方的真实意思表示。
- 审查合同内容：在补签前，双方应仔细审查合同内容，确保其合法、合规，并明确各自的权利和义务。
- 及时履行：合同补签后，双方应及时履行各自的义务，以避免因拖延履行而引发不必要的纠纷。
总结：合同未履行时，一方已签而另一方两年后补签，合同是否有效需根据具体情况来判断。若双方在补签时意思表示真实，且合同内容合法，则合同有效。若对方提出抗辩，需根据抗辩理由提供相应证据进行应对。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。