复议机关允许原机关收集补充证据，并不一定是程序违法。具体分析如下：
在行政复议过程中，复议机关的主要职责是审查原行政机关作出的具体行政行为是否合法、适当。这一过程中，证据的完整性和充分性对于复议机关作出正确的复议决定至关重要。
一般情况下：复议机关在受理复议申请后，会基于原行政机关提交的证据以及复议申请人提交的新证据进行审查。如果原行政机关在初步提交证据时有所遗漏或不足，复议机关可能会允许其在一定期限内补充提交相关证据，以确保复议决定的准确性和公正性。这种情况下，允许原机关补充证据并不构成程序违法，而是复议机关为了确保复议决定质量而采取的一种合理措施。
特殊情况下：然而，也存在一些特殊情况。比如，如果原行政机关在复议过程中故意隐瞒或拖延提交关键证据，试图通过后续补充来规避责任或影响复议决定，这种行为就可能构成程序违法。此外，如果复议机关允许原机关无限制地补充证据，导致复议程序无限期延长，也可能损害复议申请人的合法权益，构成程序不当。
因此，判断复议机关允许原机关收集补充证据是否构成程序违法，需要综合考虑具体案情、复议程序的规定以及原行政机关补充证据的合理性和必要性。如果复议机关的允许行为符合复议程序的规定，且原行政机关补充证据的行为合理、必要，那么这种行为就不应被视为程序违法。
总之，复议机关在复议过程中允许原机关补充证据并不一定是程序违法，而是需要根据具体情况进行判断。如果你对此类问题有进一步的疑问或需要更详细的法律咨询，可以直接向我提问。