公司员工殴打上级，公司开除该员工通常是合法的。以下是对此问题的详细分析：

1. 公司规章制度的角度：

   • 如果公司的规章制度中明确将打架斗殴或殴打他人列为严重违纪行为，并且这些规章制度的制定经过了民主程序，同时已向员工进行了有效公示，那么公司在员工发生殴打上级的行为时，依据这些规定开除员工，是符合公司规章制度且通常也是合法的。

2. 法律法规的角度：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条的规定，劳动者严重违反用人单位的规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。因此，只要员工殴打上级的行为被认定为严重违反了公司的规章制度，且该规章制度符合法定要求，公司即可依法解除与员工的劳动合同。
   • 若殴打行为进一步触犯了法律法规，如构成故意伤害罪等，涉事员工不仅可能面临刑事处罚，公司也有权并通常会选择解除与其的劳动合同关系。

3. 其他考虑因素：

   • 事件的严重程度和影响范围：公司在处理此类事件时，会综合考虑事件的性质、造成的后果以及对公司声誉的影响。对于情节严重、影响恶劣的事件，开除往往是更合理的处理方式。
   • 涉事员工的态度和表现：公司在决定是否开除员工时，也会考虑员工的态度和悔过表现。但如果员工态度恶劣，无悔过之意，公司更倾向于开除处理。
   • 程序的合法合规性：公司在处理此类事件时，必须确保相关程序的合法合规性，包括调查取证、听取员工陈述申辩、作出处理决定等环节。只有程序合法，才能有效避免可能的法律纠纷。

综上所述，公司员工殴打上级，公司开除该员工通常是合法的，但前提是公司的规章制度中有明确规定，且开除程序符合法律法规的要求。如果你或你所在的公司面临类似情况，建议咨询专业律师以确保处理的合法性和合规性。你可以直接向我提问，我会为你提供进一步的法律咨询。