公积金和医保缴费基数不同的原因主要有以下几点：

首先，公积金和医保的缴存基数来源不同。公积金的缴存基数通常是职工本人上一年度的月平均工资，而医保的缴费基数则可能根据地区的具体政策有所不同，可能也与职工的工资水平相关，但计算方式和标准可能有所差异。

其次，公积金和医保的缴存比例也不同。公积金的缴存比例通常由单位确定，在一定范围内（如5%~12%）可调整，而医保的缴费比例则通常由政策规定，单位和个人各自承担一部分。

此外，公积金和医保的用途也不同，这也导致了缴存基数的差异。公积金主要用于帮助职工解决住房问题，而医保则主要用于支付职工的医疗费用。因此，在制定缴存基数时，会考虑到这两种不同的用途和需求。

最后，需要注意的是，公积金和医保的政策可能会随着时间和地区的变化而调整。因此，建议职工定期关注相关政策的变化，以便及时了解自己的缴存情况和权益。

综上所述，公积金和医保缴费基数不同主要是由于缴存基数来源、缴存比例、用途以及政策调整等多种因素共同作用的结果。