当您发现身份证丢失后被他人用于注册公司，这是一个严重的问题，需要您立即采取行动来保护自己的合法权益。以下是一些建议的处理步骤：

首先，您应该立即向公安机关报案，并详细说明身份证丢失及被冒用注册公司的情况。报案后，您将获得报警记录，这是后续处理的重要证据。同时，您也需要收集其他相关证据，如身份证明、丢失证明以及能够证明非本人注册的证据，如笔迹鉴定样本和不在场证明。

接下来，您应该前往该公司注册地的市场监督管理部门，提交投诉举报，并携带身份证件、报警记录及其他相关证据。在投诉举报中，您需要详细说明身份证被冒用注册公司的情况，并要求撤销或变更基于错误身份信息的公司注册登记。市场监督管理部门将进行调查核实，您需要积极配合调查工作，并提供必要的信息和证据。

如果遇到困难或对法律程序不熟悉，您可以寻求法律援助或咨询专业律师的意见。律师将帮助您评估案件的严重性，提供具体的法律建议，并协助准备必要的法律文件。

在处理过程中，您还需要关注个人信用的修复问题。如果身份证被冒用注册公司对个人信用产生了不良影响，您可以在公司注册登记撤销后，向相关金融机构、信用评级机构等说明情况，并要求消除因该冒用行为导致的不良信用记录。

最后，为了防止类似事件再次发生，您需要加强个人身份信息的保护。这包括定期更换密码、使用安全的网络环境、不轻易透露个人信息等。同时，及时在相关机构进行身份证挂失和补办手续也是非常重要的。

总之，处理身份证丢失后被他人用于注册公司的问题需要耐心和时间。但是只要您坚持维权并积极采取措施，最终一定能够得到妥善的处理结果。