工厂扣个人所得税的原因，主要是基于《中华人民共和国个人所得税法》的相关规定。下面我来详细解释一下：

结论前置：工厂在支付员工工资时，如果员工的收入达到一定标准，工厂需要依法代扣代缴个人所得税。

纳税依据：

• 根据《中华人民共和国个人所得税法》第二条第一项的规定，工资、薪金所得应当缴纳个人所得税。这意味着，无论是基本工资、奖金、津贴还是补贴等，只要属于工资、薪金范畴，且年收入额在扣除相关费用后超过6万元，均需依法纳税。

税额计算与免税情况：

• 应纳税所得额的计算：居民个人的综合所得，以每一纳税年度的收入额减除费用六万元以及专项扣除（如“三险一金”）、专项附加扣除（如子女教育、继续教育等）和依法确定的其他扣除后的余额，为应纳税所得额。应交个人所得税额 = 应纳税所得额 × 适用税率 - 速算扣除数。
• 免税情况：虽然大部分工资收入需要缴税，但也有一些特定类型的所得可以免征个人所得税，如省级人民政府、国务院部委等颁发的科学、教育、技术等方面的奖金，以及国债和国家发行的金融债券利息等。然而，这些免税情况通常不适用于普通的工资收入。

缴纳方式与工厂的角色：

• 工厂作为支付工资薪金的单位，负有代扣代缴个人所得税的义务。在支付工资时，工厂应依法计算并扣缴个人所得税，并将税款及时缴纳给税务机关。
• 工厂普工应当了解自己的纳税义务，并配合工厂进行个人所得税的代扣代缴工作。

实例分析： 以某普工为例，若其每月工资5000元，一年总收入60000元，在扣除“三险一金”等费用后，若应纳税所得额为零，则无需缴纳个人所得税。但若该普工月工资提升至一定水平，使得年应纳税所得额超过零，则需要按照相应的税率缴纳个人所得税。

综上所述，工厂扣个人所得税是依法行事，确保国家税收的合规性。如果你对具体的税额计算或税务问题有疑问，可以随时向我咨询，我会为你提供更详细的解答。