当两个月工资合并发放时，确实需要缴纳个人所得税，并且应该按照特定的规定来处理。以下是对这一情况的详细解答：

一、核心原则

1. 纳税义务发生时间：根据税法规定，工资、薪金所得以实际取得为纳税义务发生时间。如果两个月工资合并发放，且能够明确区分各月的工资数额，那么可以分别进行计税；如果不能明确区分，则需要合并计税。

2. 累计预扣法：在大多数情况下，即使工资是合并发放的，也应该按照“累计预扣法”来计算个人所得税，以确保全年税负的均衡。

二、具体处理步骤

1. 确定收入：将两个月合并发放的工资总额作为累计收入。

2. 计算扣除：

   • 累计减除费用：根据月份数（在此为2个月）乘以每月的减除费用标准（目前为5000元/月）。
   • 累计专项扣除：包括社保、公积金等。
   • 累计专项附加扣除：如住房贷款利息、子女教育等。

3. 计算应纳税所得额：

   • 如果能够明确区分各月工资，则分别计算各月的应纳税所得额。
   • 如果不能区分，则将两个月工资总额减去累计减除费用和其他依法确定的扣除项目后，得到总的应纳税所得额。

4. 选择税率与速算扣除数：根据应纳税所得额在个人所得税税率表中查找对应的税率和速算扣除数。

5. 计算应纳税额：

   • 使用公式“应纳税额 = 应纳税所得额 × 税率 - 速算扣除数”进行计算。
   • 如果单独计税，则分别计算两个月的应纳税额；如果合并计税，则计算总的应纳税额。

6. 申报与缴纳：根据实际情况选择单独申报或合并申报，并确保在规定时间内向税务机关完成申报与缴纳。

三、特殊情况说明

• 如果企业因特殊原因（如资金周转困难）合并发放工资，仍应按累计预扣法计算个税，并向员工和税务机关做好说明，以避免误解。
• 确保计算和申报数据的准确性，并妥善保管相关凭证，以备核查。
• 在遇到特殊情况或不确定如何处理时，应及时咨询当地税务机关或专业律师。

四、总结与建议

• 两个月工资合并发放时，需要合并计算并依法缴纳个人所得税。
• 企业应严格遵守税法规定，确保个税计算的准确性和合规性，以避免税务风险。
• 员工也应了解自己的纳税义务，并在必要时咨询专业人士以确保自己的权益不受损害。

综上所述，当两个月工资合并发放时，应依法进行个税的计算和缴纳，并遵循相关的税法规定和操作流程。