不建档确实可能会影响出生证明的办理。建档是孕期保健的一个重要环节，它关乎到孕妇和胎儿的健康管理以及后续的医疗服务。根据相关政策，建档后孕妇可以领取妇幼保健计生服务卡，这张卡在办理出生证明时起到关键作用，因为出生证明系统需要录入分娩信息，而没有此卡则无法录入，进而可能导致无法办理出生证明。

具体来说，在医疗保健机构出生的新生儿，其出生证明由出生所在的医疗保健机构根据相关规定直接签发。但如果孕妇没有在该机构建档，那么该机构可能无法确认孕妇的分娩信息，从而无法签发出生证明。对于在医疗保健机构外出生的新生儿，其出生证明的签发则更加依赖于相关证明材料的提交，而这些证明材料的准备也可能受到建档情况的影响。

因此，为了确保能够顺利办理出生证明，建议孕妇在怀孕期间及时到当地的医疗保健机构建档，并按照相关规定接受孕期保健服务。如果由于特殊情况无法建档，也应咨询当地卫生健康部门或相关机构，了解具体的办理流程和所需材料，以便做好相应的准备。