当原告提交的证据是复印件而被告不认可时，处理方式如下：

1. 被告需明确指出证据瑕疵：

   • 被告应详细说明复印件证据的形式瑕疵，如非原件、签名难以辨认、内容不完整或与实际情况不符等。
   • 被告有权对证据的真实性、关联性、合法性提出质疑，并尽可能提供反证或合理怀疑来削弱其证明力。

2. 法庭综合审查：

   • 法庭会仔细审核双方的观点和所有提交的证据。
   • 法庭会特别关注证据的真实性，即证据是否为原始、真实存在，有无伪造、篡改等情况。若复印件证据存在明显瑕疵，法庭可能降低其证明力或不予采信。
   • 法庭还会审查证据的关联性和合法性，以及与其他证据的相互印证情况。

3. 可能的结果：

   • 如果原告提交的复印件证据问题较大，且被告提供了有力的反证或合理怀疑，法庭可能不采信该证据，从而影响原告的主张得到支持的程度。
   • 如果虽然被告不认可复印件证据，但法庭综合审查后认为该证据与其他证据相互印证，形成了完整的证据链，且符合合法性、真实性、关联性的要求，法庭仍可能认定其证明力。

4. 被告的应对策略：

   • 被告应积极收集并提交反证，以证明原告提交的复印件证据存在瑕疵或不可信。
   • 被告在质证时应充分发表意见，清晰阐述不认可的理由和依据。

5. 原告的补充措施：

   • 如果可能，原告应尽力寻找并提交证据的原件或其他能够证明复印件真实性的材料。
   • 原告也可以申请法庭进行证据调查，以核实复印件的真实性。

综上所述，当原告提交的证据是复印件而被告不认可时，被告应明确指出证据瑕疵并提供反证或合理怀疑，法庭则会综合审查双方的观点和所有证据后作出判断。如果你在此类纠纷中遇到具体问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。