在计算土地增值税时，印花税的扣除规则确实因纳税人身份和具体情况的不同而有所差异。以下是对这一问题的详细解答：
一、印花税扣除规则
房地产开发企业：
- 当房地产开发企业转让新建房时，印花税通常已经包含在管理费用中，因此不单独作为税金进行扣除。这是因为在营改增之前，印花税是计入管理费用的；而营改增后，虽然印花税在“税金及附加”中核算，但在土地增值税清算时，仍遵循不单独扣除的原则，以避免重复扣除。
非房地产开发企业：
- 对于非房地产开发企业转让新建房或旧房时，缴纳的印花税可以作为与转让房地产有关的税金据实扣除。这意味着，在计算土地增值税时，非房地产开发企业可以直接将缴纳的印花税作为扣除项目。
二、土地增值税的其他主要扣除项目
除了印花税外，土地增值税的扣除项目还包括：
- 取得土地使用权所支付的金额：包括地价款和按国家统一规定交纳的有关费用。
- 开发土地的成本、费用：对于房地产开发企业，销售费用、管理费用、财务费用不是据实扣除，而是按一定比例扣除。
- 新建房及配套设施的成本、费用，或旧房及建筑物的评估价格：包括建筑安装成本、配套设施成本等。旧房及建筑物若无评估价格但能提供购房发票，可按发票金额并加计一定比例计算扣除。
- 与转让房地产有关的税金：还包括营业税、城市维护建设税等。需要注意的是，这些税金的扣除应遵循相关税法规定，并确保不重复扣除。
- 财政部规定的其他扣除项目：根据财政部相关规定可扣除的其他项目。
三、注意事项
- 纳税人在计算土地增值税时，需准确区分自身身份（房地产开发企业或非房地产开发企业），并依据相应规则进行扣除。
- 印花税作为与转让房地产有关的税金之一，其扣除规则需特别注意，以避免重复扣除或遗漏。
- 在实际操作中，纳税人应严格遵守税法规定，确保计算的准确性和合规性。同时，也要密切关注国家和地方税务政策的最新动态，以便及时调整税务策略。
综上所述，印花税在土地增值税中的扣除规则因纳税人身份和具体情况的不同而有所差异。因此，在计算土地增值税时，纳税人应仔细核对自身身份和相关政策规定，以确保正确扣除印花税并准确计算应纳税额。