关于土地承包确权由谁确权的问题，这主要涉及到两个阶段和四种不同的情况，下面我将详细为您解释：
一、登记确权阶段
在这个阶段，确权主要是由国家统一进行，具体由县级以上地方人民政府农业农村、林业和草原等主管部门负责。如果在登记过程中遇到以下问题，您可以这样处理：
登记错误：如果您发现土地承包经营权证或登记簿上的记载有误，比如证上写的和实际承包的土地不一样，您可以向乡（镇）人民政府的农村经营管理部门提出更正申请，让他们帮忙改正。
未实际取得土地承包经营权：如果您已经登记了，但实际上并没有拿到土地，这种情况您不能直接去法院打官司。您应该先找相关的行政主管部门申请解决。如果坚持诉讼，法院可能会因为这不属于其管辖范围而驳回起诉。
二、权属争议阶段
在这个阶段，主要处理的是“一地二包”（同一块地给了两家承包）或“权属纠纷”（前后两个土地承包合同的效力、当事人之间的权属争议）等问题。这类争议不属于行政纠纷，而是属于合同纠纷、民事案件。因此，政府不能直接确权，而是应该通过以下途径解决：
协商解决：当事人双方可以尝试通过友好协商来解决争议。
请求调解：如果协商不成，当事人可以向村民委员会、乡（镇）人民政府等申请调解。
仲裁或诉讼：如果调解也不成，当事人可以向农村土地承包仲裁机构申请仲裁，或者直接向人民法院提起民事诉讼。在诉讼过程中，法院将根据合同的效力来确定土地承包经营权的归属。
综上所述，土地承包确权的具体主体和程序会根据不同阶段和情况而有所不同。如果您在实际操作中遇到任何问题或困惑，欢迎随时向我咨询，我将竭诚为您提供专业的法律帮助。