村民土地承包权使用权由乡（镇）人民政府确权。具体分析如下：

一. 确权主体

• 根据《中华人民共和国农村土地承包经营权证管理办法》第二十条，承包方应按照农村土地承包合同约定的用途使用承包地，不得擅自改变土地农业用途。承包方如需改变土地用途，需依法经有关行政主管部门批准。对于违反规定改变土地用途的行为，将依法承担法律责任，并由乡（镇）人民政府和农村土地承包管理部门依法进行纠正和查处。在此过程中，乡（镇）人民政府作为农村土地承包管理部门，负责农村土地承包经营权的确权工作。

二. 确权流程

• 通常，确权流程包括土地承包合同的签订、土地承包经营权的登记以及土地承包经营权证的颁发等环节。这些环节都需在乡（镇）人民政府的指导和监督下进行，以确保确权工作的合法性和有效性。

三. 实例说明

• 例如，在某村，村民张三承包了一片土地用于种植农作物。为了明确张三对这片土地的使用权，乡（镇）人民政府会依据相关法律法规和程序，对张三的土地承包权进行确权，并颁发土地承包经营权证。这样，张三就依法获得了对这片土地的使用权，并可以在规定范围内进行农业生产经营活动。

综上所述，村民土地承包权使用权的确权工作由乡（镇）人民政府负责。如有进一步需要，您可以继续咨询我。