针对员工怀孕后不来上班的情况，公司应当遵循法律法规，兼顾员工权益与公司运营，采取合理、妥善的处理方式。以下是一些具体的建议：

一、初步沟通与核实

1. 主动联系：公司应首先通过电话、邮件或面对面等方式，温和地询问员工不上班的具体原因及身体状况，表达公司的关心和支持。

2. 核实信息：要求员工提供相关的证明材料，如医院诊断书、病假条或产假申请所需材料等，以便确认其请假的合理性。

二、区分请假类别并依法处理

1. 病假处理：

   • 如果员工提供了正规医院开具的病假条，并且符合公司的病假申请流程，公司应依法按病假处理，支付相应的病假工资或疾病救济费。
   • 明确员工享有的病假期限，并与其沟通协商长期休病假的后续安排。

2. 产假安排：

   • 了解并告知员工当地的产假政策，包括产假的天数、难产或多胞胎生育的额外产假天数等。
   • 确保员工知晓产假申请的具体流程和所需材料，并依法在其产假期间正常发放工资。

3. 旷工管理：

   • 如果员工无正当理由且未履行请假手续而一直不上班，公司可依法认定为旷工。
   • 在处理旷工时，务必严格遵循公司规章制度和法律法规，确保有充分的证据证明旷工事实，并已履行必要的通知程序。

三、协商灵活工作安排或调整职业发展规划

1. 灵活工作安排：考虑员工的身体状况，公司可与其协商灵活的工作安排，如远程办公、调整工作时间等，以满足员工需求并保证工作正常进行。

2. 职业发展规划调整：根据员工的身体状况和工作能力，双方可共同探讨职业发展规划的调整方案，如暂时调整至强度较低、压力较小的岗位，并确保薪酬待遇的合理性和公平性。

四、遵循法律程序与寻求专业支持

1. 遵循法律程序：在处理员工怀孕不上班的情况时，公司应严格遵循法律法规和公司规章制度，确保处理方式的合法性和合理性。

2. 寻求专业支持：如遇复杂情况或难以抉择时，公司应咨询专业的劳动法律师或人力资源专家，获取更具针对性的建议和指导。

综上所述，公司处理员工怀孕后不来上班的情况时，应综合考虑多个方面，通过沟通、协商和必要的法律支持，妥善处理此类问题，以维护公司与员工的合法权益。