基本农田建房归自然资源部门、农业农村部门以及乡镇人民政府（街道办事处）等多个部门协同管理。

1. 自然资源部门：

   • 负责土地用途管制和耕地保护，对基本农田建房有明确的管理职责。根据土地管理相关法律，基本农田受到严格保护，禁止未经批准在其上建房。若发现违法占用基本农田建房行为，自然资源部门可依法进行查处，有权责令停止违法行为，限期拆除在非法占用土地上新建的房屋，并恢复土地原状。

2. 农业农村部门：

   • 负责农村宅基地的改革和管理工作，虽然基本农田并非用于宅基地，但农业农村部门在发现涉及基本农田建房的情况时，会配合自然资源部门进行调查，并在宅基地审批等环节加强管理，以避免出现违规占用基本农田建房的情况。

3. 乡镇人民政府（街道办事处）：

   • 在本行政区域内也有相关管理职责，对辖区内土地利用情况进行监督检查，及时发现并制止基本农田建房等违法行为，并协助上级部门做好相关工作。

综上所述，基本农田建房涉及多个部门的管理和监管，各部门会根据各自职责分工进行调查和处理。若您发现或面临相关问题，可直接向我咨询，我将为您提供专业的法律建议和支持。