针对“员工请假公司是否可以扣社保”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细解答：
一、核心结论
员工请假期间，公司不应扣减其社保费用。社保缴纳是基于劳动关系存续和工资基数，而非出勤情况。只要员工与公司的劳动合同关系存续，无论员工是否请假，公司都必须按规定为员工缴纳社保。
二、法律依据与缴纳责任
法律依据：
- 根据《中华人民共和国社会保险法》的相关规定，用人单位有义务自行申报并按时足额缴纳社会保险费，且非因不可抗力等法定事由不得缓缴、减免或扣减。
缴纳责任：
- 社保费用由用人单位缴纳的部分和劳动者个人承担的部分组成。
- 劳动者个人承担的部分会由用人单位在每月工资中代扣代缴。
- 员工请假经过单位同意的，单位应继续缴纳其应承担的社保部分，员工个人部分仍由单位代扣代缴。
三、请假期间的社保缴纳具体情况
事假：
- 员工请事假并经单位同意的，单位可以不支付事假期间的工资，但社保费用仍需正常缴纳。
- 单位应继续缴纳其应承担的社保部分，员工个人部分可由单位在下月工资中扣除。
病假：
- 员工请病假期间，单位同样需要为其缴纳社保费。
- 劳动者在患病期间依法享受社会保险待遇，包括医疗期内的社保缴纳。
四、特殊情况下的处理
- 如果员工请假时间过长，导致工资收入大幅减少，且符合当地社保部门关于缴费基数调整的规定和流程，那么以实际工资收入作为社保缴费基数的调整可能是合理的。但这需要严格按照相关规定执行，并确保员工的社保权益不受损害。
五、单位未按时足额缴纳社保的后果
- 如果用人单位未按时足额缴纳社会保险费，将面临社会保险费征收机构的责令限期缴纳、加收滞纳金、罚款等后果。
- 员工的社保权益受到损害时，有权向相关部门投诉并维护自己的合法权益。
六、员工权益保护建议
- 为确保自身社保权益得到保障，员工在请假前应详细了解公司的规章制度，特别是关于请假期间的薪资待遇和社保缴纳情况的规定。
- 如果发现公司存在不合理扣减社保费用的行为，员工应首先与公司进行沟通，要求其纠正错误做法；若沟通无果，可以向当地劳动监察部门投诉或向劳动争议仲裁机构申请仲裁。
综上所述，员工请假期间公司不应扣减其社保费用。公司应继续承担其应有的社保缴纳责任，确保员工的社保权益得到充分保障。