双方根据民事调解书达成的以物抵债协议在一定条件下是可以撤销的，但具体能否撤销需根据实际情况及相关法律规定来判断。以下是对此问题的详细分析：
一、撤销协议的一般条件
协议存在瑕疵：如果以物抵债协议在签订时存在欺诈、胁迫、乘人之危等情形，或者协议内容违反法律、行政法规的强制性规定，那么该协议可能被认定为无效或可撤销。
双方协商一致：如果双方当事人在协议签订后，通过协商一致的方式同意撤销该协议，并且这种撤销不违反法律、行政法规的强制性规定，也不损害国家、集体或者第三人的利益，那么该协议可以被撤销。
二、以民事调解书形式达成的以物抵债协议的特殊性
法律效力：以民事调解书形式达成的以物抵债协议，经过法院确认后，具有与判决同等的法律效力。这意味着，除非存在法定撤销事由，否则该协议一般不得随意撤销。
撤销程序：如果当事人认为民事调解书存在错误或者需要撤销，通常需要通过法定程序向法院提出申请，如申请再审或者提出执行异议等。法院会根据具体情况进行审查，并作出是否撤销的裁定。
三、实践中的注意事项
审查协议内容：在签订以物抵债协议时，双方应仔细审查协议内容，确保协议真实、合法、有效，并避免存在瑕疵或违反法律规定的情况。
保留相关证据：在协议履行过程中，双方应妥善保留相关证据材料，如协议文本、付款凭证、交付证明等，以便在后续可能发生的法律纠纷中提供有力支持。
及时咨询专业律师：如果遇到复杂的法律问题或者对协议内容存在疑问，建议及时咨询专业律师，以便获取专业的法律意见和帮助。
综上所述，双方根据民事调解书达成的以物抵债协议在一定条件下是可以撤销的，但具体能否撤销需根据实际情况及相关法律规定来判断。如果当事人对协议内容或撤销程序存在疑问，建议及时咨询专业律师以获取准确的法律意见。