快递运输晚点罚款的合法性取决于具体的合同条款和法律法规。以下是对此问题的详细分析：

1. 合同条款的约定：

   • 在快递服务合同中，通常会明确约定快递的送达时间以及晚点时的责任承担方式。如果合同中明确规定了晚点罚款的条款，并且该条款不违反相关法律法规的强制性规定，那么快递公司在晚点时依据合同条款收取罚款是合法的。
   • 然而，如果合同中没有约定晚点罚款，或者罚款条款因违反法律法规而无效，那么快递公司就无权对晚点进行罚款。

2. 法律法规的约束：

   • 快递服务属于民事合同关系，受《中华人民共和国民法典》等法律法规的调整。在法律法规中，对于快递服务的晚点问题，并没有直接规定必须罚款或者不得罚款。
   • 因此，快递公司是否能对晚点进行罚款，主要取决于合同双方的约定以及相关法律法规的间接规定（如消费者权益保护法中关于服务质量的要求等）。

3. 实践中的处理：

   • 在实践中，快递公司通常会根据自身的运营情况和市场策略来制定晚点罚款的规定。但这些规定必须建立在合法合规的基础上，不能损害消费者的合法权益。
   • 如果消费者对快递公司的晚点罚款有异议，可以通过与快递公司协商、投诉至相关监管部门或者提起民事诉讼等方式来维护自己的权益。

综上所述，快递运输晚点罚款的合法性需要综合考虑合同条款的约定和法律法规的约束。如果你在具体案件中遇到了相关问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更具针对性的法律建议。